Najvyšším riadiacim orgánom klastra Košice IT Valley je jeho Valné zhromaždenie. Ďalšie orgány sú ním tvorené, resp. volené.
Výkonný riaditeľ je štatutárnym orgánom klastra a riadi jeho činnosť.
Správna rada je výkonným orgánom, ktorý usmerňuje a riadi činnosť združenia.
Dozorná rada je kontrolný orgán, ktorý dohliada na činnosť združenia.