Najvyšším riadiacim orgánom klastra Košice IT Valley je jeho Valné zhromaždenie. Ďalšie orgány sú ním tvorené, resp. volené.

Výkonný riaditeľ je štatutárnym orgánom klastra a riadi jeho činnosť.

Správna rada je výkonným orgánom, ktorý usmerňuje a riadi činnosť združenia.

Dozorná rada je kontrolný orgán, ktorý dohliada na činnosť združenia.